物語の主人公は、人里離れた森の沼のほとりに住む、怪物シュレック（spi）。
彼にまつわる恐ろしい伝説とは裏腹に、気ままな生活を送っていました。
そんなある日、領主によって国を追放されたピノキオ（新里宏太）をはじめとするおとぎ話の住人たちが、シュレックの住む森に押し寄せてきます。
静かな生活を取り戻したいシュレックは、追放令を取り消すよう領主・ファークアード卿（泉見洋平）に交渉。
真の王になるためにプリンセスとの結婚を目論んでいたファークアード卿は、ジンジャーブレッドマン（岡村さやか）から情報を聞き出し、
シュレックたちに「自分の代わりにドラゴン（須藤香菜）と戦って囚われの姫・フィオナ（福田えり）を救い出せ」という交換条件を出します。
仕方なくシュレックは、お調子者の喋るロバ・ドンキー（吉田純也）を道連れに、沼を取り戻すため冒険の旅に出たのですが・・・・